Bước 1: Tổ chức, cá nhân gửi 01 bộ hồ sơ đến tới Trung tâm Phục vụ hành chính công tỉnh. Trung tâm Phục vụ hành chính công tỉnh kiểm tra, tiếp nhận hồ sơ, chuyển hồ sơ về cơ quan có thẩm quyền giải quyết:
+ Chi cục Kiểm lâm - đối với trường hợp đăng ký mã số cơ sở nuôi, trồng các loại động vật rừng, thực vật rừng nguy cấp, quý, hiếm Nhóm 2 và động vật, thực vật hoang dã nguy cấp thuộc Phụ lục II và III CITES không phải loài thủy sản;
+ Chi cục Thủy sản - đối với trường hợp đăng ký mã số cơ sở nuôi, trồng các loài thủy sản thuộc Phụ lục II CITES).
Bước 2: Chi cục Kiểm lâm/Chi cục Thủy sản tiếp nhận hồ sơ. Trường hợp hồ sơ không hợp lệ, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ Chi cục Kiểm lâm/Chi cục Thủy sản phải thông báo bằng văn bản cho chủ rừng để hoàn thiện.
Bước 3: Trong thời hạn 5 ngày làm việc, Chi cục Kiểm lâm/Chi cục Thủy sản phối hợp với cơ quan liên quan tổ chức thực hiện, nhưng thời hạn cấp không quá 30 ngày.
Bước 4: Trong thời hạn 1 ngày làm việc, kể từ ngày cấp mã số cơ sở nuôi, trồng, Chi cục Kiểm lâm/Chi cục Thủy sản gửi thông tin về cơ quan thẩm quyền quản lý CITES Việt Nam để đăng tải mã số được cấp lên cổng thông tin điện tử của cơ quan thẩm quyền quản lý CITES Việt Nam.
Bước 5: Chi cục Kiểm lâm/Chi cục Thủy sản trả kết quả cho Trung tâm Phục vụ hành chính công tỉnh để trả cho tổ chức.